ENVIRONMENTAL MICROBIOME INTELLIGENCE · SUELO
El contexto cambia la conclusión
Un reanálisis de ASV bacterianos publicados que hace visibles la estructura multivariada, la unidad experimental y los límites de la evidencia.
De 24 submuestras a ocho unidades de análisis
Seleccionamos el muestreo basal de suelo de 2022, con cuatro sitios y, en cada uno, una parcela con cobertura y otra en barbecho. Sumamos los conteos de las tres submuestras de cada parcela. Analizamos 21.656 ASV con conteos no nulos; las visualizaciones multivariadas usan 854 grupos a nivel de género tras aplicar el filtro declarado.
Tratar las 24 submuestras como réplicas independientes exageraría la evidencia. El contraste se apoya en cuatro pares de parcelas y permuta dentro de cada sitio.
Abrir el reporte científicoDescargar ASV y metadatosVerificar archivos y hashesEn este subconjunto, la cobertura no muestra evidencia concluyente de una diferencia adicional: RDA parcial con p = 0,375 y R² ajustado adicional ≈ 0,006. Dentro de los cuatro pares solo existen 15 permutaciones no idénticas posibles. No estimamos rendimiento de cultivos, actividad funcional ni una puntuación universal de salud del suelo.
Verificando los datos del explorador…
Figuras para publicación · SVG y PDF
01 · ¿Qué estructura la comunidad?
La ordenación CLR conserva la geometría composicional. El panel residual muestra qué queda después de ajustar por sitio; sus ejes no son directamente intercambiables con los del panel original.
Descargar figura vectorial en PDF02 · Un atlas de variación, sin lista de ganadores
Los 24 géneros de mayor variación se muestran centrados y agrupados por similitud. Los colores comparan una misma fila entre parcelas y no representan abundancia absoluta entre géneros.
Descargar figura vectorial en PDF03 · Siete conexiones que resumen ocho parcelas
El árbol de expansión mínima conserva solo las conexiones necesarias para unir todas las muestras por distancia de Aitchison. Es una red de similitud entre parcelas, no una red de interacciones entre microorganismos.
Descargar figura vectorial en PDF04 · ¿Cambia la lectura con otra distancia?
La superposición Procrustes contrasta dos representaciones bidimensionales, CLR y Bray–Curtis. Los segmentos permiten localizar las discrepancias. La concordancia es descriptiva y parcial.
Descargar figura vectorial en PDF05 · Separar cobertura y contexto
La RDA parcial atribuye el 72,8 % de la inercia al sitio, un 7,1 % adicional a la cobertura condicionada al sitio y el 20,2 % al residual. Son fracciones secuenciales sin ajustar, no contribuciones causales.
Descargar figura vectorial en PDFUna evidencia que se puede inspeccionar
El informe se calculó con R dentro de Docker y Snakemake. Las coordenadas, los enlaces, los valores del atlas y la descomposición se exportan a TSV, y el resumen metodológico se entrega en JSON. Es una ejecución real precalculada; el portal todavía no habilita cargas ambientales.
Inspeccionar el diagnóstico JSONDescargar los enlaces TSVConsultar procedencia y transformacionesDatos abiertos, autores visibles
Soheila Lahijanian, Jacob Schmidt, Ulf Feuerstein y Andrea Polle. Dataset Figshare 28359911.v1, bajo licencia CC BY 4.0. Este es un reanálisis independiente de Nexalel y no implica colaboración ni respaldo de los autores.
Transformaciones aplicadas: selección del muestreo basal de 2022, agregación por parcela, exclusión de los ASV sin conteos en el subconjunto y normalización de las etiquetas taxonómicas no resueltas. La procedencia original se conserva.
Dataset original y licenciaArtículo y diseño experimentalCC BY 4.0