Métodos y versiones
Cada resultado conserva el camino que lo produjo.
El caso de microbioma reúne reanálisis de cohortes públicas, métodos versionados y archivos descargables. La demo genómica permite explorar el producto con datos sintéticos. Cada superficie declara su alcance.
Datos y diseño
Identifique la cohorte, las muestras incluidas y la unidad de análisis antes de interpretar un resultado. El ejemplo sintético permite revisar el diseño y sus advertencias antes de proponer una hipótesis.
Métodos y sensibilidad
Revise versiones, filtros y decisiones de análisis. Las comprobaciones de profundidad y sensibilidad muestran qué conclusiones se mantienen y cuáles necesitan más evidencia.
Archivos comprobables
Los manifiestos, tablas, figuras y el kit de reproducción están disponibles sin formulario. La portada permite comprobar en su navegador el SHA-256 del archivo que acompaña cada cifra.
Alcance de investigación
El reanálisis es exploratorio y se limita a las cohortes públicas estudiadas. La demo genómica es sintética. Ninguna de estas superficies constituye validación clínica ni permite decisiones sobre personas.
Dos cohortes, dos recorridos de procesamiento.
El análisis posterior comparte una misma versión del pipeline. Las lecturas de origen, el procesamiento previo y las referencias taxonómicas son distintos, y esa diferencia limita la comparación directa entre cohortes.
Desafío sintético Nexalel
nexalel-review-challenge.1729
Datos generados para verificar el software, la sensibilidad y las advertencias de diseño. No representan pacientes ni constituyen validación clínica.
Snakemake · microbiome-counts-analysis 1.0.0 · OLS sobre CLR · BH
Investigación · sin uso clínico
Cada hallazgo necesita contexto.
El marco conecta observación, calidad, fuente, incertidumbre, uso permitido, pregunta de investigación y reporte. La revisión colaborativa por estudio está en desarrollo.
Observación
El caso público presenta cálculos sobre datos de cohortes. Las demos de genómica y microbioma usan fixtures sintéticas. Cada experiencia declara su origen.
Inferencia
Anotaciones, asociaciones o predicciones que dependen de referencias, modelos y supuestos. No equivalen a mediciones directas.
Interpretación
Conclusiones limitadas al contexto y a la evidencia disponibles. Estas demos no ofrecen diagnóstico ni prescripción.
Métodos y lecturas de referencia
Estas referencias explican el enfoque y sus límites. No validan las cifras sintéticas de la demo ni implican afiliación alguna.
- Consenso internacional sobre pruebas del microbioma ↗
Utilidad clínica, estándares y límites de interpretación.
- QIIME 2 · análisis de marcadores microbianos ↗
Referencia metodológica para el análisis de amplicones. Los métodos realmente utilizados se detallan en el informe del caso.
- Validación de clasificadores entre cohortes ↗
El desempeño en una cohorte no garantiza la generalización a otras.
- Límites de las redes de coocurrencia ↗
Una asociación estadística no demuestra una interacción causal.